Эффективность расщепления коротких последовательностей днк некоторыми распространенными рестриктазами

Рестриктаза	Последовательность олигонуклеотидов в окрестностях сайта рестрикции	Длина цепи, нт	Процент расщепления олигонуклеотида после инкубации в течение
			2 ч	20 ч
BamHI	CGGATCCG CGGGATCCCG CGCGGATCCCGC	8 10 12	10 >90 >90	25 >90 >90
BglII	CAGATCTG GAAGATCTTC GGAAGATCTTCC	8 10 12	0 75 25	0 >90 >90
ClaI	CATCGATT GATCGATC CCATCGATGG CCCATCGATGGG	8 8 10 12	0 0 >90 50	0 0 >90 50
EcoRI	GGAATTCC CGGAATTCCG CCGGAATTCCGG	8 10 12	>90 >90 >90	>90 >90 >90
HindIII	CAAGCTTG CCAAGCTTGG CCCAAGCTTGGG	8 10 12	0 0 10	0 0 75
NheI	GGCTAGCC CGGCTAGCCG CTAGCTAGCTAG	8 10 12	0 10 10	0 25 50
PstI	GCTGCAGC TGCACTGCAGTGCA	8 14	0 10	0 10

Таблица II.1 (окончание)

Рестриктаза	Последовательность олигонуклеотидов в окрестностях сайта рестрикции	Длина цепи, нт	Процент расщепления олигонуклеотида после инкубации в течение
			2 ч	20 ч
PvuI	CCGATCGG ATCGATCGAT TCGCGATCGCGA	8 10 12	0 10 0	0 25 10
SacI	CGAGCTCG	8	10	10
SacII	GCCGCGGC TCCCCGCGGGGA	8 12	0 50	0 >90
SmaI	CCCGGG CCCCGGGG CCCCCGGGGG TCCCCCGGGGGA	6 8 10 12	10 10 0 0	10 10 50 >90
SpeI	GACTAGTC GGACTAGTCC CGGACTAGTCCG CTAGACTAGTCTAG	8 10 12 14	10 10 0 0	>90 >90 50 50
SphI	GGCATGCC CATGCATGCATG ACATGCATGCATGT	8 12 14	0 0 10	0 25 50
XbaI	CTCTAGAG GCTCTAGAGC TGCTCTAGAGCA CTAGTCTAGACTAG	8 10 12 14	0 >90 75 75	0 >90 >90 >90
XhoI	CCTCGAGG CCCTCGAGGG CCGCTCGAGCGG	8 10 12	0 10 10	0 25 75
Примечание. Курсивом выделены последовательности сайтов рестрикции.

ДНК-метилазы. Большинство штаммов E. coli содержит два типа ферментов, метилирующих ДНК: dam- и dcm-метилазы. Первая осуществляет перенос метильных групп в N-положение аденина в последовательности GATC. В таком случае многие рестриктазы (например BclI, MboI или ClaI), в состав сайтов рестрикции которых входит данная метилированная последовательность, перестают расщеплять ДНК по этим сайтам. Аналогичное действие на некоторые рестриктазы, например EcoRII, оказывает и dcm-метилаза, осуществляющая метилирование остатков цитозина по положению С5 в последовательностях C^MeCAGG и C^MeCTGG. Для того чтобы избежать нежелательного влияния этих метилаз на клонируемые ДНК, в качестве хозяев используют мутантные штаммы E. coli: dam^- и dcm^-. ДНК-метилазы бактериальных систем рестрикции и модификации применяют для блокирования in vitro соответствующих сайтов рестрикции на исследуемых фрагментах ДНК с целью получения под действием гомологичных рестриктаз фрагментов больших размеров.