2.8. Микробиология инфекций желудочно-кишечного тракта

Острые кишечные инфекции (ОКИ) широко распространены во всем мире и характеризуются фекально-оральным (алиментарным, водным) или бытовым путем распространения и первичной локализацией возбудителя в кишечнике. Это полиэтиологичные заболевания, возбудители которых принадлежат различным группам микроорганизмов (бактерии, грибы, вирусы, простейшие).

К бактериальным возбудителям ОКИ относятся представители семейств:

1. Enterobacteriaceae:

Род Shigella, представители которого вызывают антропонозную инфекцию- дизентерию.

Род Salmonella, представители которого вызывают антропонозную инфекцию - брюшной тиф и паратифы А и В и зооантропонозы - сальмонеллезы.

Род Esherichia

- диареегенные E.coli, вызывающие эшерихиозы.

Род Iersinia, вызывающие кишечные иерсиниозы и псевдотуберкулез.

Бактерии рода Klebsiella spp, Proteus spp, Entherobacter spp, Citrobacter spp- вызывающие пищевые токсикоинфекции.

2. Vibrionaceae

Род Vibrio - V. cholerae 0,1 или 0139, вызывающие холеру и условно- патогенные вибрионы, возбудители вибрионогенных диарей.

3. Camphylobacteriaceae

Род Camphylobacter (C. jejuni, C. coli и др.), вызывающие зооантропонозы - кампилобактериозы. Род Helicobacter (H.pilori , ассоциированный с язвой желудка и 12 перстной кишки).

4. Bacciillaceae.

Род Bacillus (B .cereus, вызывающий пищевые токсикоинфекции).

5. Clostridiaceae

Род Clostridium (С. botulinum, C.difficilaе) - вызывающий антибиотикоиндуцированный псевдомембранозный энтероколит.

6. Staphylococceae

Род Staphylococcus (S. аureus), продуцирующий энтеротоксин. При попадании в организм с продуктами питания большого количества энтеротоксина развивается стафилококковый пищевой токсикоз.

Вирусы - возбудители острых кишечных инфекций- это ротавирусы, вирус Норволка, некоторые серовары аденовирусов, энтеровирусов в том числе вирус гепатита А и вирус гепатита Е.

Нормальная микрофлора ЖКТ

В пищеварительной системе отмечается своеобразное распределения микрофлоры. На протяжении ЖКТ выделяют несколько биотопов, существенно отличающихся по составу микробиоценоза, что связано с различными морфологическими, функциональными и биохимическими особенностями соответствующих отделов ЖКТ.

Пищевод.Микрофлора пищевода скудная. Проксимальный отдел контамирован бактериями, типичными для микрофлоры полости рта и глотки, в дистанных отделах можно обнаружитьStaphylococcus spp, дифтероиды,Sarcina spp, B. subtilis, грибы родаCandida.

Желудок. В желудке бактерии практически отсутствуют, их число не превышает 10³ мл содержимого. Это обусловлено действиями соляной кислоты, лизоцима, ферментов. Большое количество бактерии выявляются в пилорической его части. Видовой состав представлен Lactobacillus spp , Bifidobacterium spp, Bacteroides spp, Streptococcus spp, дрожжеподобными грибами, Sarcina spp, Enterococcus spp, Pseudomonas spp, Bacteroides spp.

Кишечник. В двенадцатиперстной кишке количество бактерий составляет не более 10⁴- 10⁵ КОЕ 1 мл содержимого. Микрофлора представлена Lactobacillus spp, Bifidobacterium spp, Bacteroides spp, Enterococcus spp. Часть их поступает с пищевыми массами, другие из верхних отделов тонкой кишки.

В верхних отделах тонкой кишки микроорганизмы определятся в небольшом количестве 10⁴ КОЕ/мл. Основным механизмом, препятствующим росту бактерий в тонкой кишке, является действие желчи, ферментов, кишечная перистальтика, секреция в просвет кишки иммуноглобулинов. По мере продвижения и дистальному отделу тонкого кишечника действиe бактерицидных и бактериостатических факторов ослабевает и у входа в толстый кишечник для бактерий создаются благоприятные условия (определенный рН, температура, много питательных субстратов), что способствует их интенсивному размножению. В связи с этим и наличием большого количества продуктов распада постоянная нормальная микрофлора толстого кишечника у взрослых занимает первое место по численности (10¹¹ – 10¹² КОЕ / г фекалий) и многообразию ( более 100 различных видов микроорганизмов постоянно)

Так как в этом биотопе создаются анаэробные условия у здорового человека в составе нормальной микрофлоры в толстом кишечнике преобладают (96-99%), анаэробные бактерии-бактероиды,C.рerfringens, Streptoccocus spp, Fubacterium spp , Veilonella spp, Gemella spp, Peptostreptococcus spp, Lactobacillus spp, только до 4% микрофлоры составляют аэробные факультативно- анаэробные микроорганизмы E.coli, Enterobacteriaceae spp, в небольшом количестве Staphylococcus spp, Proteus spp, Pseudomonas spp, грибы рода Сandida spp, отдельные виды Treponema spp, Mycobacterium spp, Mycoplasma spp, Actinomyces spp, простейшие и вирусы.

Желчные протоки. Печень. У здоровых людей микробы в желчных путях обычно отсутствуют.

Неспецифические заболевания ЖКТ

Неспецифические заболевания ЖКТ - диарея, неспецифический колит, синдром малой сорбции, дуоденит, язвенная болезнь желудка, гастрит, гастроэнтерит, холангит, холецистит, эзофагит. Они часто ассоциируются с энтеровирусами, ротавирусами, амебиазом, балантидиозом, молочницей, кандидозом кишечника.

Микробиология гастроэнтероколита - воспаление слизистых оболочек желудка и тонкой кишки. Этиологическим фактором являются Enterobacterium spp, Staphylococcus spp, Clostridium spp, Bacillus spp, Camphylobacterium spp, Iersinia spp ,Vibrio spp, ротавирусы, энтеровирусы.

Микробиология гастрита - поражение слизистой оболочки желудка, сопровождающееся нарушением функций. Гастриты, язвенная болезнь желудка и двенадцатиперстной кишки ассоциируются с H. pilori.

Микробиология эзофагита - воспаление слизистой оболочки пищевода. Основной возбудитель C. albicans, вирусы простого герпеса, цитомегаловирусы.

Микробиология холецистита - воспаление желчного пузыря, преимущественно бактериального происхождения (E .coli , S. aureus, Enterococcus spp, Streptococcus spp, Proteus spp, дрожжеподобные грибы, смешанная флора.).

Микробиологическая диагностика. Основным методом микробиологической диагностики при ОКИ является бактериологическое исследование.

Забор материала:

- фекалии собирают в стерильную посуду соблюдая правила асептики. При естественной дефекации сбор проводят с пеленок или из горшка стерильным шпателем, вмонтированным в ватную пробку пробирки;

- фекальные массы можно забирать из прямой кишки с помощью ректальной трубки, которую вводят на 8-10см;

- при профилактическом обследовании здоровых людей на тифо- паратифозное носительство, обследуемому необходимо давать за 3 часа до начала сбора материала 25-30гр сернокислой магнезии, которая является желчегонным и слабительным;

- забор материала проводят при появлении первых признаков заболевания, до начала лечения антибиотиками. Забор и первичный посев материала желательно проводить в приемном покое, в лабораторию он должен быть доставлен не позже 2-х часов после взятия, в противном случае его необходимо сохранять в холодильнике. При невозможности немедленного посева собранный материал помещают в пробирки с консервирующим раствором;

- транспортировка должна проводиться с соблюдение необходимых правил осторожности - в биксах, пеналах;

- из пищевода и желудка материал берут при эзофагоскопии и гастроскопии;

- забор содержимого тонкого отдела кишечника проводят при использовании зонда. Пробу исследуют не позже часа после ее забора;

- при энтеральных эшерихиозах - это фекалии, материал розеол, моча, желчь, рвотные массы;

- при парентеральных’эшерихиозах - гнойное отделяемое, моча, мокрота, кровь при септических формах;

- тифо-паротифные инфекции выбор материала определяется фазой патогенеза:

- фаза бактериемии (1 неделя) кровь,

- разгар заболевания (2,3 неделя): кровь, пунктат костного мозга, соскоб с розеол;

- выделительно-аллергическая фаза (4 неделя): кровь (при рецидиве), фекалии, моча, желчь;

желчь отбирают в стерильные пробирки при зондировании 12 перстной кишки. При этом отдельно собирают дуоденальное содержимое, пузырную желчь и желчь из желчных протоков (партии А, В, С);

- розеолыскарифицируют, взятый материал засевают на желчный бульон;

- забор мочи, СМЖ, биоптатов костного мозга, мокроты - описано в соответствующих разделах.

Микробиологическая диагностика

Лабораторное исследование фекалий начинается с предварительного капрологического исследования, для этого необходимо:

- приготовить мазки из фекалий, окрасить их метиленовым синим для выявления лейкоцитов, что свидетельствует о поражении слизистой кишечника;

- провести микроскопический анализ нативного мазка из фекалий на яйцеглист, так как гельминтозы могут протекать с клиникой острых кишечных инфекций;

- провести микроскопический анализ на простейших (амебы, лямблии, криптоспоридии).

Бактериологическое исследование фекалий при подозрении на ОКИ

Особенности проведения 1- ого этапа бактериологического исследования при подозрении на ОКИ состоят в следующем:

- первичная микроскопия мазков из фекалии не проводится;

- учитывая полиэтиологичность ОКИ для выделения чистой культуры посев разведений фекалий делают на дифференциально-диагностические среды ( Эндо, Левина, Плоскирева, висмут-сульфит агар и среды обогащения).

На 2 этапе бактериологического исследования

- отбирают выросшие лактозонегативные колонии (бесцветные). Их образуют сальмонеллы, шигеллы;

- лактозоположительные (окрашенные) колонии, которые дали эшерихии аккуратно снимают петлей и с ними ставят реакцию агглютинацию с комплексной поливалентной эшерихиозной сывороткой к различным патогенным серогруппам. Колонии, с которыми был зарегистрирован положительный результат, при реакции с соответствующей сывороткой, отсеивают для накопления на скошенный агар.

Накопленную культуру идентифицируют до рода и вида по комплексу биохимических свойств:

- в случае подозрения на иерсиниоз, первичный посев проводится на среду Серова с последующим холодовым обогащение (посевы помещают в холодильник с последующим высевом на плотные питательные среды);

- в случае подозрения на кампилобактериоз, первичный посев проводится на специальные для них питательные среды с добавление антибиотиков. Посевы инкубируют в анаэростатах;

- при бактериологической диагностике холеры материал от больного засевают на элективную среду (1%-ная пептонная вода, щелочной агар);

- для диагностики заболеваний, вызванных C. difficile в фекалиях больных обнаруживают экзотоксин. Используют ИФА или молекулярно - генетические методы.

При подозрении на пищевую токсикоинфекцию первичный посев материала проводится на несколько определенных сред:

- посев на среду Эндо - для выделения энтеробактерий;

- посев по Щукевичу - для выделения протея;

- посев на ЖСА - для выделения S. aureus,

- посев на кровяной агар - для выделения стрептококков;

- посев на среду Китт – Тарроци - для выделения анаэробов.

- посев на среду Сабуро – для выделения грибов.

Для микробиологической диагностики ОКИ также используется: серодиагностика - чаще проводится ретроспективно.

Иммуноиндикация - реакция иммунофлюоресценции, латекс- агглютинация, Ко-агглютинации.