- •Основы биологической химии предисловие
- •Введение Предмет и задачи биохимии
- •Основные признаки живой материи
- •Глава 1. Химический состав организмов
- •Глава 2. Структура и свойства белков
- •2.1. Роль и определение белков.
- •2.2. Функции белков в организме
- •2.3. Элементный состав белков. Содержание белков в органах и тканях
- •2.4. Аминокислотный состав белков
- •2.5. Кислотно-основные свойства аминокислот
- •2.6. Стереохимия аминокислот
- •2.7. Строение белков
- •2.8. Уровни структурной организации белков
- •Первичная структура
- •Вторичная структура белков
- •Третичная структура белков
- •Четвертичная структура белков
- •2.9. Физико-химические свойства белков
- •Кислотно-основные свойства белков
- •Растворимость белков
- •Денатурация и ренатурация
- •2.10. Классификация белков
- •2.11. Методы выделения и очистки белков
- •Очистка белков
- •Глава 3. Углеводы
- •3.1. Понятие об углеводах и их классификация
- •3.2. Моносахариды
- •Оптические свойства моносахаридов
- •Структура моносахаридов
- •3.3. Химические свойства моносахаридов Реакции с участием карбонильной группы
- •Реакции с участием гидроксильных групп
- •3.4. Сложные углеводы
- •Олигосахариды
- •Полисахариды
- •Гомополисахариды
- •Гетерополисахариды
- •3.5. Биологические функции углеводов
- •Глава 4. Нуклеиновые кислоты
- •4.1. Общая характеристика нуклеиновых кислот
- •4.2. Химический состав и строение нуклеиновых кислот
- •4.3. Уровни структурной организации нуклеиновых кислот
- •Первичная структура нуклеиновых кислот
- •Вторичная структура днк
- •Вторичная структура рнк
- •Третичная структура рнк и днк
- •Глава 5. Липиды
- •5.1. Общая характеристика и классификация липидов
- •5.2. Липидные мономеры
- •5.3. Многокомпонентные липиды
- •5.4. Биологические функции липидов
- •Глава 6. Ферменты
- •6.2. Химическая природа и структура ферментов
- •6.3. Кофакторы ферментов Ионы металлов как кофакторы ферментов
- •Коферменты
- •6.4. Механизм действия ферментов
- •6.5. Свойства ферментов
- •6.6. Специфичность действия ферментов
- •6.7. Факторы, влияющие на скорость ферментативного катализа
- •Влияние температуры на активность ферментов
- •Влияние рН на активность ферментов
- •Влияние концентраций субстрата и фермента на скорость ферментативной реакции
- •Зависимость скорости реакции от времени
- •6.8. Регуляция активности ферментов
- •Активация ферментов
- •Ингибирование ферментов
- •Аллостерическая регуляций действия ферментов
- •6.9. Определение активности ферментов
- •6.10. Номенклатура и классификация ферментов
- •6.11. Локализация ферментов в организме и клетке
- •6.12. Применение ферментов
- •Глава 7. Витамины
- •7.1.Понятие о витаминах
- •7.2. Классификация витаминов
- •7.3. Жирорастворимые витамины
- •7.4. Водорастворимые витамины
- •7.5. Витаминоподобные вещества
- •Глава 8. Общие закономерности обмена веществ и энергии в организме
- •8.1. Обмен веществ
- •8.2. Обмен энергии
- •Глава 9. Биологическое окисление
- •9.2. Дыхательная цепь
- •9.3. Окислительное фосфорилирование
- •Глава 10. Обмен углеводов
- •10.1. Переваривание углеводов
- •10.2. Метаболизм глюкозы
- •10.3. Биосинтез гликогена
- •10.4. Распад гликогена
- •10.5. Анаэробный гликолиз
- •10.6. Аэробный распад глюкозы
- •Аэробный распад глюкозы в мозге
- •10.7. Пентозофосфатный цикл
- •10.8. Биосинтез глюкозы (глюконеогенез)
- •10.10. Регуляция обмена углеводов
- •Глава 11. Обмен липидов
- •11.1. Переваривание липидов
- •11.2. Метаболизм глицерина
- •11.3. Метаболизм жирных кислот
- •11.4. Биосинтез жиров
- •11.5. Регуляция обмена липидов
- •Глава 12. Обмен нуклеиновых кислот
- •12.1. Пути распада рнк и днк
- •12.2. Распад пуриновых и пиримидиновых оснований
- •12.3. Биосинтез нуклеотидов
- •Биосинтез пурииовых нуклеотидов
- •Биосинтез пиримидиновых нуклеотидов
- •Биосинтез дезоксирибонуклеотидов
- •12.4. Биосинтез нуклеиновых кислот
- •Биосинтез днк (репликация)
- •Биосинтез рнк (транскрипция)
- •Безматричный синтез рнк
- •12.5. Путь информации от генотипа к фенотипу
- •Глава 13. Обмен белков
- •13.1. Понятие об обмене белков
- •13.2. Переваривание белков пищи и распад белков тканей Переваривание белков
- •Распад белков в тканях
- •13.3. Метаболизм аминокислот
- •Трансаминирование аминокислот
- •Дезамииирование аминокислот
- •Превращение углеродных скелетов аминокислот. Реакции декарбоксилирования
- •13.4. Удаление аммиака из организма. Орнитиновый цикл
- •13.5. Синтез аминокислот
- •13.6. Биосинтез белков (трансляция)
- •Глава 14. Водно-солевой и минеральный обмен
- •14.1. Водно-солевой обмен Содержание воды в организме и клетке
- •Роль и функции воды в процессе жизнедеятельности
- •14.2. Регуляция водно-солевого обмена
- •Регуляция рН
- •14.3. Минеральный обмен Минеральные вещества
- •Функции минеральных веществ
- •Минеральные вещества и обмен нуклеиновых кислот
- •Минеральные вещества и обмен белков
- •Минеральные вещества и обмен углеводов и липидов
- •14.4. Регуляция минерального обмена
- •Глава 15. Взаимосвязь обмена белков, жиров, углеводов и нуклеиновых кислот
- •Глава 16. Гормоны, нервно-гормональная регуляция обмена веществ
- •16.1. Понятие о гормонах. Основные принципы регуляции обмена веществ
- •16.2. Классификация гормонов
- •16.3. Общие представления о действии гормонов
- •16.4. Гормоны щитовидной и паращитовидных желез Гормоны щитовидной железы
- •Гормоны паращитовидных желез
- •16.5. Гормоны поджелудочной железы
- •16.6. Гормоны надпочечников
- •16.7. Гормоны половых желез
- •16.8. Гормоны гипоталамо-гипофизарной системы
- •16.9. Гормоны тимуса и эпифиза
- •16.10. Простагландины
- •16.11. Биохимическая адаптация
- •Рекомендуемая литература
- •Оглавление
2.11. Методы выделения и очистки белков
Последовательность операций по выделению белков обычно сводится к измельчению биологического материала, экстрагированию белков (т.е. переводу их в растворенное состояние) и, наконец, выделению исследуемого белка из смеси других белков, т.е. очистке и получению индивидуального белка. Все операции проводят при температуре, близкой к 0°С и не применяют сильных кислот и оснований, чтобы избежать денатурации.
Исходный биологический материал измельчают при помощи ножевых или пестиковых гомогенизаторов, часто используют валковые или шаровые мельницы. Кроме того, применяется метод попеременного замораживания и оттаивания ткани, в основе разрушающего действия которого лежат разрывы клеточной оболочки, вызванные кристалликами льда. Для разрушения тканей используют также ультразвук, пресс-методы и метод "азотной бомбы", который заключается в насыщении клеток азотом под высоким давлением, а затем резким сбрасыванием давления - выделяющийся газообразный азот как бы "взрывает" клетки.
Измельченную ткань заливают экстрагентом, в качестве, которого используют 8-10% растворы солей, буферные смеси, органические растворители, а также неионные детергенты - вещества, нарушающие гидрофобные взаимодействия между белками и липидами, между белковыми молекулами. Однако ими пользуются осторожно, чтобы не нарушить третичную (четвертичную) структуру белков. Из органических соединений используют водные растворы глицерина и слабые растворы сахарозы. Так как растворению и стабилизации белков способствуют кислые и слабощелочные среды, то в качестве буферных смесей используют фосфатные, цитратные, боратные буферные смеси. Нерастворимые части ткани осаждают центрифугированием. В надосадочной жидкости содержатся растворимые белки.
Главная трудность выделения индивидуального белка в его отделении от остальных белков, так как все белки обладают сходными свойствами и их разделение основано на небольших различиях в свойствах разных белков.
Рассмотрим ряд методов выделения белков.
1. Избирательная денатурация. Многие белки денатурируются и выпадают в осадок при нагревании раствора до 50-70 °С или при подкислении до рН ≈ 5. Если выделяемый белок выдерживает эти условия, то часть посторонних белков можно удалить из раствора таким способом.
2. Высаливание представляет собой процесс осаждения белков из раствора при добавлении различных солей. Чаще всего используют зависимость растворимости белков от концентрации сульфата аммония. Если в раствор добавить небольшое количество (NH4)2SO4, (например, 10г на 100мл раствора), то наименее растворимые белки выпадут в осадок. Осадок отделяют центрифугированием, а к надосадочной жидкости добавляют еще 10 г (NH4)2S04 и получают второй осадок. Продолжая эту процедуру, получают ряд фракций: в одной из них содержание искомого белка больше, чем в других.
3. Методы ионно-обменной хроматографии и электрофореза основаны на различиях в количестве и природе ионогенных групп аминокислотных радикалов. Для хроматографии белков применяют ионообменники на основе целлюлозы или других гидрофильных полимеров.
Электрофорез применяют в различных вариантах. Наиболее простой из них - электрофорез на бумаге. Полоску фильтровальной бумаги пропитывают буферным раствором и включают ее в электрическую цепь с постоянным током. Процедуру проводят в герметически закрытой камере. Белки из электрофореграмме обнаруживают, обрабатывая полоску красителем, связывающимся с белками и образующим цветные соединения. После окончательного разделения белков на фракции, в зависимости от заряда белковой молекулы, отдельные белки вымывают (предварительно разрезав полоску на части) подходящим растворителем и осаждают. Для получения больших количеств очищенного белка вместо полоски бумаги в этом методе используют толстый блок какого-либо инертного материала - крахмала, целлюлозного порошка или полимеры, образующие гели - агар, полиакриламид.
4. Методы гель-фильтрации и ультрацентрифугирования основаны на различиях белков по молекулярной массе.
Молекулярная масса белков достигает десятки и сотни тысяч атомных единиц массы (а.е.м., или Да). Обычные методы определения молекулярной массы - криоскопия и эбулиоскопия - для белков неприменимы. Для определения молекулярных масс белков разработаны специфические методы. Наиболее распространенный из них - метод ультрацентрифугирования, разработанный шведским ученым Сведбергом. Он основан на измерении скорости седиментации веществ. Во вращающемся роторе ультрацентрифуги центробежное ускорение достигает 100000-500000 g (g - ускорение свободного падения). На поверхность буферного раствора, налитого в кювету ультрацентрифуги, наносят тонкий слой раствора белка и кювету помещают в ротор. При вращении ротора более плотные, чем растворитель, молекулы белка перемещаются в направлении от оси вращения. Положение белковой зоны регистрируют специальной оптической системой по показателю преломления, который больше в зоне белка, чем в буферном растворе. На основании результатов центрифигурирования вычисляют коэффициент седиментации
где
х - расстояние от оси вращения до белковой зоны, см;
t - время седиментации, с;
dx/dt –скорость седиментации, см/с;
ω- угловая скорость вращения ротора, рад/с.
За единицу коэффициента седиментации условно принята величина 10-13 с, называемая сведбергом и обозначаемая "S".
Молекулярная масса белка пропорциональна его коэффициенту седиментации, коэффициенту диффузии и плотности:
Где
R - универсальная газовая постоянная (8.314 Дж/град моль);
Т - абсолютная температура опыта;
S - коэффициент седиментации, с;
О - коэффициент диффузии, см2/с;
V - удельный парциональный объем молекулы белка, т.е. величина, обратная плотности молекулы, см3/г;
р - плотность растворителя при данной температуре, г/см3.
Более просто молекулярную массу белка можно определить методом гель-фильтрации, или молекулярного просеивания. Метод основан на применении специальных полимерных веществ (например, сефадекс), набухшие зерна которых имеют поры определенного размера. Небольшие молекулы легко проходят в эти поры, а диффузия крупных молекул затруднена. Это явление и лежит в основе разделения веществ методом гель-фильтрации. Принципиальная схема метода изображена на рисунке приведенном ниже, белковый раствор вместе с буфером перемещаются вдоль колонки между гранулами сефадекса. Белки проходят медленнее, чем буферный раствор, причем тем медленнее, чем меньше молекулярная масса белка, так как их молекулы легче диффундируют внутрь гранул сефадекса.
В результате в колонке образуются отдельные зоны белков: чем ниже расположена зона, тем больше молекулярная масса белка. Белковые фракции, различающиеся молекулярной массой, собирают в отдельные пробирки и идентифицируют хроматографически. Между объемом вымывания (объем буфферного раствора, затраченный на вымывание из колонки данной фракции - V, мл) и логарифмом молекулярной массы (IgM) - линейная зависимость (см. рис.9,б). Предварительно колонку калибруют, пропуская через нее растворы стадартных белков с известной молекулярной массой.